本实验室设32个固定研究人员岗位和若干实验技术人员岗位，并设立10个流动研究人员岗位。组织管理由学术委员会、实验室领导小组和所属三个中心（平台）、五个研究室组成。 

三个中心（平台）分别是: 

1. 光电信息功能材料研发中心， 

2. 光电信息功能器件研发中心， 

3. 光电信息功能材料与器件表征平台。 

五个研究室分别对应于实验室的五个主要研发方向，它们为： 

1. 半导体异质结构材料与器件研究室， 

2. 半导体低维结构材料与纳电子器件研究室， 

3. 光电子材料与器件研究室， 

4. 固体电子材料与应用技术研究室， 

5. 光电功能材料与器件设计研究室。 

实验室学术委员会由国内著名高校、研究所和高新技术企业的知名专家9-15人组成，设主任1人，副主任4人。第一届学术委员会由15人组成，以便对实验室的建设计划进行更充分的审议。学术委员会的功能为：审议批准实验室的发展计划，对研究方向提出指导性意见，从不同角度对实验室正副主任和相关研究室主任的工作和研究室的研究成果给予客观评估，促进实验室研究水平更上新台阶；引进新的学术思想，促进前沿学科交叉；发现研究工作中的薄弱环节，及时提出改进措施；适时地修改开放课题指南，审批开放课题。 

实验室设主任1人，副主任4人。实验室的领导小组由实验室正、副主任和各研究室主任组成。实验室实行主任负责制。实验室主任根据学术委员会的评估意见和有关研究方向的指导性意见，负责实验室研究工作的日常管理，任免、调整研究室的负责人和研究人员，制定实验室建设计划、年度工作计划和工作报告。实验室可通过特聘教授的聘任从国内外引进项目急需人才。特聘教授可以是专职（全时）也可以是兼职（每年来工作一定时间）；另一方面，采取有力措施强化现有青年科技人员的培养提高，工作上委以重任，为他们承担各类研究项目（特别是省和国家的重大项目）创造条件。通过评估获得先进仪器设备和经费支持，对长期成绩平平、不适合在实验室工作的人员予以调离，对工作中作出重要贡献者给予奖励。 

实验室设立开放课题基金，支持优秀的开放课题。优先支持创新性高和交叉性强，由不同学科背景的省内学者联合申请的项目。鼓励与国内外知名同行的交流合作，及时邀请国内外本行业著名学者来我室作短期(1-3个月)合作研究和讲学并为之提供必要的津贴。本实验室的主干学科是南京大学物理系“微电子学与固体电子学”国家重点学科，同时有南大物理系、化学化工学院相关学科的研究和技术人员参加。因此，本实验室将协调好与南大物理系、化学化工学院相关学科的关系。实验室的有关人事、组织、人员的思想政治工作、图书资料、生活后勤等工作依托南大物理系、化学化工学院进行。同时，本实验室将协调好与南大固体微结构国家重点实验室和纳米技术江苏省重点实验室的关系，相互学习，资源共享，共同提高。